在眾多的污水處理方法中，生物處理法因為工藝簡單、效果明顯、成本低廉、環保、二次危害少等優點，已經成為主要的污水處理工藝。其中生物膜法、活性污泥法等方法，都是利用生物的分解能力達到凈化水質的目的。

現代工業化污水中的污染源種類相當復雜，為達到污水中污染物質降解的目的，遴選針對污水特別降解能力的微生物菌后經過一系列的馴化，培養而得到耐鹽，耐沖擊，穩定性強的污水處理菌種，能有效去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物質、化合污染物等。污水通過前端的預處理，然后經過生化厭氧，好氧階段，能夠有效的降解水中的各類污染物。

污水處理菌按其功能主要分為以下幾類：1. 硝化xijun：是一種好氧性xijun，包括亞硝酸菌和硝酸菌。生活在有氧的水中或砂層中，在氮循環水質凈化過程中扮演著很重要的角色。普遍存在大自然各個角落，空氣、江河、大海、土壤都有，生物學中發現的硝化xijun有幾千種之多。  2. 反硝化xijun：反硝化xijun是一種能引起反硝化作用的xijun。多為異養、兼性厭氧xijun，如反硝化桿菌、斯氏桿菌、螢氣極毛桿菌等。它們在氙氣條件下，利用硝酸中的氧，氧化有機物質而獲得自身生命活動所需的能量。反硝化xijun普遍分布于土壤、廄肥和污水中。可以將硝態氮轉化為氮氣而不是氨氮。主要應用于污水處理,如景觀水治理,城市河道治理,水產養殖處理等。3. 硝化反硝化復合菌種：具備硝化和反硝化雙重作用的復合菌種，在污水處理環境日益復雜的情況下，單一使用硝化或反硝化菌種越來越難達到菌種平衡，企業對硝化反硝化的配比也難以準確掌握，造成大量菌種浪費或不足，難以達成理想的污水處理效果。復合菌種可根據水質情況自我擴充繁殖，達到菌種平衡，讓污水處理更簡單、。

4. COD降解菌種： COD降解菌主要應用于污水生化池降解COD指標使用。主要降解廢水中的COD，改善水質色度、增大污泥絮體顆粒、調整污泥絮體結構，壓制藻類生長繁。污水生化池有機物濃度過高或者生化池容積較小時，高負荷污水流入容易對生化池中的微生物造成沖擊。對于經過預處理后污水的高濃度COD指標，在生化池培養菌種過程中，可適當投加一些COD降解菌種，能有效的去除COD，并能更好的穩定生化系統。

污水處理菌種的優點：

1. 培養周期短：生物接觸氧化法培樣菌能快速掛膜，污泥量很少；活性污泥法培菌，以污泥作為附著點，然后投加固體粉末菌種，可縮短周期。

2. 處理范圍廣：固體粉末微生物菌種能有效去除廢水中的BOD，COD，SS，氨氮，總氮等指標。

3. 穩定性強：菌種對后期新的穩定運行很重要。

4. 適應性強：固體粉末菌種對水質負荷的適應能強。

5. 除臭效果明顯：NH3、P、H2S及有機酸能力強。

6. 操作簡單：菌種與污泥按照10：1比例溶解投加到生化池中曝氣培養。

7. 繁殖能力強：菌種從一代繁殖到第二代，第三代的周期非常短，對高負荷水質造成沖擊的恢復能力比較強。

8. 壓制病原體、病菌與寄生蟲。壓制藻類繁殖，凈化水體與色度。

9. 可去除低濃度重金屬污染，如鋅、錳、鐵、鉻…等。

10. 易培養、繁殖快。污水處理菌種對環境有較強的適應能力和進化能力，對于新的污染物，能通過自發或誘導產生新的酶系，降解或轉化新的化合物。